Päivät järjestettiin 4.-5.5.2006 ja tämän vuoden aiheena oli ”Kaupungit: muutos, kriisi, poikkeustila”. Päivät näyttävät vakiinnuttaneen paikkansa kaupunkitutkijoiden keväisenä kohtaamispaikkana ja keskustelufoorumina: tänä vuonna päiville osallistui jo yli 200 osanottajaa! Päiville perustettiin myös omat, pysyvät nettisivut, jotka löytyvät osoitteesta: http://www.kaupunkitutkimuksenpaivat.net